萧云贵最近的心情很是不好，原因很多，其中最大的原因之一便是淮上捻军的起事非常不顺。赖文光、陈得才等人统领数千东殿精锐兵马北上，虽然这些兵马并没有装备新式的线膛枪和新式火炮，但整个太平天国原有的旧式火枪、火炮那是装备得非常多的，而且他们所统领的兵马还是东殿精锐，北上之后便是一支非常强大的武力。
武力虽然是强大了，但也引起了捻军首领们的猜忌，捻军首脑张乐行、龚得树等人本来就自行拥兵，捻军也不是铁板一块，加上太平军这股强大的势力到来，捻军内部的势力平衡被打破，各方开始了互相的猜忌。
为了配合赖文光等人的北上，林凤祥等部还在苏中等地发动了一系列的佯攻，赖文光等领兵一路突破清军的防线，连克霍丘、颍上、蒙城等地，最后总算达到了稚河集。到了稚河集之后，赖文光、陈得才马上同张乐行等人会面，提出立刻举事，攻占宿州，配合林凤祥部攻打徐州的建议。
但张乐行等人对于同太平军主力在徐州会师并不敢兴趣，张乐行反而提出他们捻军自己的条件。捻军的条件便是听封不听调，捻军同意名义上接受太平天国的领导，也接受太平天国的封号官爵，但捻军保持独立性，不受太平军的指挥和调配。
陈得才等人很是愤怒，太平军千辛万苦突破清军防线来到此处便是支援捻军起事，这义旗都还没举起就忙着索要权力。而且清军早已经部署了重兵防备捻军起事，军情如火，居然还如此的不识大体。真是难成大事。反而赖文光临走前和西王长谈过一次，萧云贵给他的提醒就是无论捻军提出什么条件都可以答应，只要他们肯打出太平天国的旗号便成，他们要往他处打击清军不配合太平军作战也行，只要他们不投降清廷，只要他们攻打清军，什么条件都可以答应。
于是在张宗禹的斡旋之下。赖文光说服了陈得才等人，同意张乐行等人提出的条件，张乐行等人封了检点不等的官职。随后捻军建立五旗军制,用黄白红蓝黑五色旗区分军队。总黄旗主由张乐行自兼。总白旗主龚得树，总红旗主侯世维，总蓝旗主韩老万，总黑旗主苏天福。总旗下有大旗﹑小旗。每一旗主左右都有一个以宗族﹑亲戚﹑乡里关系结合起来的领导集团。由于各旗间互不统属。各种集团林立。不易离开本土，形成了它的分散性和落后性。
捻军随后改旗易帜，打出太平天国的旗号，张乐行等人再次起兵反清。义军轻而易举的拿下三河尖。三河尖乃是淮河之上一处较为富庶的市镇，商业繁茂。张乐行的捻军攻打此处便是为了得到此处的钱粮、物资，他们的目的便是抢掠大户富商，抢完之后便离开转而攻打下一个目标。
这个做法与太平军的做法大相径庭，太平军早已经放弃了这种流寇式的作战方式。这种作战方式没有稳固的后方，只有破坏和杀戮。所过之处大户富商一扫而光，就连稍微富裕一些的富农也不能幸免。太平军自从占领南京之后，特别是西殿太平军，他们所占之处不再抢掠，而是转为保护私产，靠收取商税、田赋等来维持军需开支，摇身一变成了合法的政权，于是太平军所到之处才渐渐得到了广大富户大户的认可。只要你没有支持满清，太平军是不会抢你的财产，但你要缴税，自古缴税纳粮天公地道，所以不会有太大的反抗。
但捻军的做法却是涸泽而渔、焚林而猎，全部抢光之后，三河尖原本这个淮河之上富庶的商业重镇成了一片废墟。虽然捻军分发了一些钱粮给当地的贫苦百姓们，但给当地生产造成的破坏是无可比拟的。
这一次赖文光也坐不住了，他找到张乐行商谈，希望捻军下一次攻克城镇后不要再大肆抢掠，而是应该考虑建立自己的根据地。张乐行豪强出身，也知道这个道理，但捻军各行其是，难以统属，甚至很多捻军参加起事就是为了发财，不抢大户哪里来的钱财？
于是捻军又开始了吵闹和争执，张乐行虽然喜欢权力，但他深知靠捻军是无法单独和清军对抗，于是他打算南下霍丘、颍上等地活动，建立自己的根据地，配合庐州的太平军行动。
以蓝旗将领刘永敬为首的部分捻军坚持要回淮北，被张乐行等杀死。捻军于是分裂，大部分旗主返回淮北，只有张乐行﹑龚得等少数留在淮南转而攻打蒙城。
北上的捻军在毫州、永城等地遭到清军荣禄部清军的围剿，损失惨重，数万捻军覆灭，仅仅不到两个月的时间，北上捻军就被围剿得只剩下十余股弱小势力。原来荣禄统帅京城新军连同袁甲三、李鸿章等部一直就虎视眈眈的围在稚河集周围，荣禄本人更是亲自坐镇徐州。
荣禄知道捻军本来就是散沙一块，但在稚河集捻军七、八万之众聚集，而且极有可能得到太平军的支援，此时攻打他们反倒会将他们弄得成铁板一块，于是他和袁甲三、李鸿章决定分兵驻守北上几个要地，静待捻军自乱阵脚。
起初袁甲三不同意这个方案，既然已经知道敌寇位置，大可调兵围而歼之，何必要坐等敌寇自乱？若敌寇不自乱反而四处分兵攻打，清军才是会手忙脚乱。