十二月，广东路连州出现染了痘疮的百姓。
朝廷下令广东路各州府防疫局支援连州，给连州所有百姓种痘，防止痘疮在连州泛滥。
晁勇发明的牛痘证明功效后，晁盖便下令各州府建防疫局，人为传播牛痘，培养痘苗，同时给百姓种痘。不过因为大夫和痘苗的限制，并不是所有人都种了痘。
广东、广西的水牛又多一些，众人原本以为广东路把附近州府的大夫调过去后，可以很快让连州所有百姓种痘，预防痘疮。但是有多个村子的人拒绝种痘，导致五千多人染了痘疮，没多长时间，便有两千多人死亡。
晁盖责令地方御史展开调查，最后发现是有一个和尚蛊惑百姓，说种了牛痘以后，下辈子会投胎成牛，导致很多百姓宁死不种痘。
晁勇得知居然是和尚作孽，当即往皇宫而来。
晁盖也是刚刚得了消息，脸色铁青，看到晁勇进宫，便忍不住道：“真是太荒唐了，种个牛痘就要投胎成牛的话，那吃了牛肉的人，下辈子要变成什么，牛粪吗？”
晁勇点头道：“那些宗教妖言惑众，常以符箓治病，害死的百姓不知凡几。儿臣请父皇下令禁绝万教，以免再发生今日之祸。”
晁盖想了想，点头道：“前番我们便商议过此事，只是那时时机没有成熟。如今天下一统，朝廷统治已经稳固，也该实施此事了。”
说着对身旁伺候的太监道：“你去请其他五部尚书来。”
“是。”
太监去不多时，五部尚书就先后来到。
众人一番商议，便定下禁绝万教条例，捣毁所有宗教建筑、典籍；抄没所有宗教财产；勒令宗教人士离教；传播教义者杀无赦；私藏、施舍宗教人士者杖一百，流放三千里。
天启三年，元月十七日，朝廷颁布禁绝万教条例。各州府官兵同时出动，捣毁境内寺庙、道观等宗教建筑，勒令宗教人士还为百姓，同时抄没宗教财产。
东京城中的诸多寺庙、道观也没有逃脱，朝廷政令刚出，城中兵马便把这些宗教建筑围起来，所有人全部驱逐出来勒令回乡，朝廷给每人发放一贯钱盘缠。钱虽然不多，但是他们也不会饿死，居养院、安济院已经从州府扩大到各县。