自从卫国战争爆发以来，李晓峰和斯维尔德洛夫之间的分歧是越来越大，进入九月份之后，更是矛盾重重。
斯维尔德洛夫和托洛茨基认为可以在布列斯特一线打防御战，将德国人挡在白俄罗斯门外。李晓峰却认为打不得，主张大踏步的继续后退，撤到明斯克基辅一线再说。
斯维尔德洛夫和托洛茨基主张立刻同英美，至少是同英国结盟，组成反法西斯联盟。而李晓峰认为这个联盟暂时对苏联没有半点好处，英国人窝在英伦三岛半死不活，北非又被隆美尔干得一塌糊涂，还要死皮赖脸的找美国吃救济。
这时候跟英国结盟有啥好处？弄不好，好处没有，还得白送英国人一批重装备，谁让咱们是盟友呢？
相反，李晓峰认为，眼下这个状态挺好，敌人归敌人朋友归朋友，还是亲兄弟明算账，谁也别占谁的便宜。
不光是在军事和外交问题上双方分歧多多，在军工生产的问题上，双方的矛盾也比较突出。开战之后，斯维尔德洛夫不止一次派鲁祖塔克来做李晓峰的工作，希望某人做一做北方工业集团的工作，让北方工业将t35、t54和西科斯基直升机的技术无偿的向苏联的军工企业共享，最好还无偿的为苏联打工。
这个提议遭到了李晓峰断然拒绝，没有这样的搞法，北方工业又不是苏联的企业，而且在此之前，北方工业又没得到苏联一毛钱的好处。凭什么白送你技术和产品。就凭你脸大？
更何况。卫国战争爆发之后，北方工业还是给与了苏联政府相当的优惠条件，大幅下降了主要武器装备的价格，并且在结款方式给与变通，这已经算是够意思了。感情你觉得北方工业好欺负，这是准备打土豪分田地。
在北方工业的问题上，双方闹得很不愉快，算是不欢而散。而接下来在一些先进武器的研发项目上。双方也是龃龉不断。比如斯维尔德洛夫觉得克里莫夫和伊留申设计局正在进行的喷气式发动机研发项目完全可以暂时中止，反正一时半会儿这种看上去特别先进的发动机也派不上用场，何必浪费宝贵的军费？
不光是喷气式发动机项目，与此相关的试车台建设项目小斯也建议下马，还极大的不满意kgb内部的9294工程，认为这个工程吞噬了超乎想象的经费和资源，但是能看到的结果却是寥寥，也应该终止。
9294工程是什么？说直白一点就是由kgb秘密牵头的苏联原子弹工程，工程代号取自铀、钚的原子序数。该工程从1936年正式启动，在最初的几年里将苏联原子能方面的专家一扫而空。
为了维持该工程的正常运转。每年要吞噬掉kgb将近60%的经费。这么说吧，如果暂停该工程。苏联的军费开支将宽松很多。
截止到1941年，该工程才算是有了实质性的突破，建立了一座实验性质的石墨慢化反应堆，初步实现了受控制的链式反应。当然，要面临的问题还有很多，要想真正的将原子弹制造出来，还需要至少两年到三年的时间。
而现在，战争的形势相当的不好，吞噬了大量资源的9294工程就像一个无底洞，这让斯维尔德洛夫有些不能接受，他开始怀疑原子弹工程该不会只是一个大画饼，能看却不能吃。
“我坚决反对暂停9294工程，为了这个工程我们已经付出了五年的努力，也初步取得了进展，正式乘热打铁加大投入的时候，怎么能半途而废？”